甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。
甲状腺炎要不要治，就是要按疾病进行分型。
在临床工作中，许多慢性甲状炎并不属于亚临床甲亢，而是以典型症状出现后才诊断为亚临床甲亢或隐匿型甲亢。甲状腺炎由各种原因引起，甲状腺滤泡结构遭到损害，其发病原因不一样，组织学特征也不一样，临床表现变化很大，患者可显示正常甲状腺功能，一过性甲状腺毒症及甲状腺功能减退症。在慢性炎症或伴有自身免疫疾病者，应采用手术方式进行治疗。如果病人是亚急性甲状腺炎，那么，可用非甾体抗炎药和糖皮质激素。对于慢性甲减或有明显亚临床甲亢症状者，应采用手术方式进行治疗。
亚急性甲状腺炎多数1-2月份即可痊愈。
亚急性甲状腺炎为自限性甲状腺炎，涉及病毒感染。患者发病后一般没有明显症状，但容易反复发作，且病情较重，需要长期服用抗微生物药物治疗，否则可能发展为慢性甲亢或甲减。发病前约2周出现上呼吸道感染，若咽部不适，流清涕，此后甲状腺区疼痛，可向耳部放射，吞咽时疼痛增加，同时可伴有全身不适，食欲减退，肌肉疼痛，发烧，出汗。
多数病人的预后相对较好，轻型患者服用非甾体类抗炎药，中、重型病人可需激素治疗，很少有病人出现永久性甲状腺功能减退。
甲状腺炎的治疗通常经内科保守治疗即可，治疗费用的高低，主要取决于疾病和病人临床表现。
部分较轻之甲状腺炎，例如，较轻者桥本氏甲状腺炎，通常无需特殊处理，仅需常规复查甲状腺功能或甲状腺超声。若为较严重甲状腺炎，由于病人临床表现较严重，因此，在处理上也有较多措施，而病情严重的人，也许会在花费上付出更多的。另外还有一种情况就是严重程度比较高，并且伴有全身症状的疾病，这类疾病通常需要通过手术进行治疗，但是这种情况下耗费时间长，费用较高。由于治疗期间需经常检查和复查，依据检查结果，对治疗方案进行调整，因此，耗费的成本可能会更高。还有就是对于部分症状较轻微的甲状腺炎，没有什么特殊情况的话，不用太担心，但是有些严重的则必须考虑到手术问题了。甚至有些甲状腺炎还相当严重，需配合外科手术治疗，则耗费可能稍多。另外对于不同类型的甲状腺疾病来说，其具体治疗方式和效果都存在一定的差别。因此，甲状腺炎治疗费用的高低，主要取决于疾病和病人临床表现，不同的疾病，耗费的费用就不同。
甲状腺炎的治疗要看是何种甲状腺炎，甲状腺炎是一大类疾病的总称，根据发病的时间长短，可以分为急性化脓性甲状腺炎，这时候可以选择抗菌药物，具体应用何种药物，要看患者的情况。
亚急性甲状腺炎是不需要根据病情来进行治疗的。当出现颈部疼痛症状时，可以使用非甾体类抗炎药，也可以选择桥本甲状腺炎等慢性甲状腺炎，在不影响甲状腺功能的情况下，不需要进行治疗，但对甲状腺的功能会造成一定的影响，比如甲减，就需要进行激素的治疗。
治疗甲状腺炎通常应对症用药。
不同的甲状腺炎症需要用到不同的药物，比如亚急性甲状腺炎，属于自限性疾病，主要表现为甲状腺疼痛、肿大、发热。急性甲状腺炎常用的消炎止痛药物有糖皮质激素和非甾体类消炎止疼药物，如吲哚美辛片、醋酸泼尼松片等。细菌感染与急性化脓性甲状腺炎有一定的关系。建议患者先到正规医院做详细检查，确定病因，对症治疗，不可盲目用药，以免耽误病情。
