大多数时候病人是感觉不到疼痛的，因为微创巧克力囊肿手术，大多数的时候都是用全身麻醉，手术过程中病人不会感受到疼痛，但是在手术结束后，病人会感受到伤口上的疼痛。在恢复期间，病人可以配合医院的药物，减少疼痛。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
因为巧克力囊肿术后复发率很高，所以术后可以打针延缓复发，一般打的是促性腺激素释放激素激动剂(GnRH-a)。一般在术后第1次来月经的第1-2天开始注射第一针，以后每28天一针，连续使用3-6针。
手术后要休息一个月，在术后一个月内要注意休息，禁止性生活，所以一个月以后可以同房。术后饮食宜清淡，多吃水果蔬菜，多服用一些高蛋白食物，适当活动，术后注意休息，注意饮食，一个月之后，就可以复正常了。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，不是不想手术，就可以避免的，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
巧克力囊肿微创手术是在腹腔镜下做的手术。全身麻醉成功后，在腹部打3-4个小孔，约0.5-1.5公分，充入二氧化碳气体，再行手术治疗。手术的方式是因年纪、症状、有无生育要求、内异症分期等来综合考虑的，分为保留生育功能手术、保留卵巢功能手术。手术结束后，再放掉充入的气体。
