一般情况下，脑起搏器的手术从手术风险来看会有麻醉药过敏、起搏器囊袋感染、起搏器囊袋血肿等风险。
脑起搏器是一种可逆性的神经刺激疗法，但也要通过手术安装，把刺激电极植入脑内神经核团，脉冲发生器植入胸部皮下，通过皮下导线把刺激电极和脉冲发生器连接起来。由于要装一个机子在身体里面，还会有排异、感染、导线断裂、短路等机子本身的并发症。日常生活中患者要注意适量吃营养丰富的食物，如菠菜、苹果、香蕉等，能够增加体内的营养，有利于身体的恢复。
临时起搏器是一种暂时的急救或过渡疗法，通常置于体内，其持续的时间与细胞的生命周期有关。病人不用太在意起搏器能维持多长时间，而是要注意它在身体里停留的时间。
一般来说，暂时的心脏起搏器应该在身体里放置2个星期，如果病人的病情得到改善，就可以把它移除。如果病人仍然有心率缓慢、房室传导障碍等症状，且没有明显的康复征兆，建议安装永久起搏器。
安装起搏器手术比较安全，主要可能穿刺不顺利，穿到锁骨下动脉，需及时调整即可，可出现血肿、气胸、血胸，或电极的刺激、导管的刺激引起心律失常，极少部分病例会引起穿孔。
目前，脑起搏器手术可以治疗梅杰综合征。
对于帕金森病、肌张力障碍等常见的运动障碍性病症，可以进行脑起搏器的外科手术。梅杰综合症属于肌张力障碍，采用脑部起搏器是一种比较安全、有效的方法，术后可以改善患者的生活品质。另外，心脏起搏器对患者的日常生活没有太大的影响，包括饮食、睡眠、运动等。
因此，使用这种起搏器来进行梅杰综合症的康复是非常有效的。
做脑起搏器的手术至少要住院两个星期左右。
做脑起搏器的手术前要进行血、生化、胸片等常规检查，以进行术中的定位，术后7天左右可以开始恢复。手术后要进行CT扫描，结合术前CT确定靶点的位置。如果靶点的位置正常，术后3-4天就会启动，术后的恢复不是七天就能完全恢复的，只是一个初步的启动，患者大概要两到三个月的时间才能进行参数调整，所以一般住院的时间一般在两个星期左右。
在起搏器更换手术前，要全面检查病人的身体状况，包括血常规、便常规、凝血功能、肝肾功能等。为了确定起搏器是否有依赖性，需要在手术之前进行起搏程序控制。对于起搏器依赖症的病人，手术之前需要放置一个临时的起搏器，以防病人心跳停止。
此外，在手术之前，若病人有不稳定的心境，或是过于担心，也会给病人做一些简单的说明，让他们能够安心。
