复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
其病理病因目前尚不清楚，可能与内分泌失衡有关，女性内分泌不协调就会导致体内雌激素和雄激素不能正常分泌，但这并不一定会导致卵巢巧克力囊肿，子宫内膜异位到卵巢的同时，还受激素影响逐渐增厚，这便有可能形成卵巢巧克力囊肿。也有的认为流产、打胎有可能会引发此类疾病。
巧克力囊肿，饮食上没有特别需要注意的，少吃点豆制品，如果巧囊不大，可以不用治疗，如果巧囊大了，可以再次考虑手术剥除。避免一切寒凉食品。行经前后，尤须注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好，清淡疏利之品较为适宜。干果不忌，可随时食用，养生行血，核桃温阳，大枣、桂圆益气养血，更为适用。
巧囊是由于子宫内膜异位症引起的，子宫内膜异位症的多是有比较严重的痛经的，如果是由于出血引起的盆腔内有明显的粘连，可鞥会引起继发性不孕症的，所以说应该进行系统的治疗。
直径大于3个cm，就需要手术治疗。巧克力囊肿可以压迫正常卵巢组织，影响排卵。巧克力囊肿是卵巢的良性囊肿，如果确诊是巧克力囊肿，超过5公分以上的，做手术治疗，一般超过五十毫米的囊肿，多数情况下存在手术指征，需要考虑手术处理了。
要去治疗巧克力囊肿的专科医院，或者是治疗囊肿的专科医院都可以，这些医院的设备和仪器，都比较先进，而且，大夫的经验，相对来说比较丰富，更利于治疗巧克力囊肿的治疗和效果。
