子宫右侧附件囊肿的治疗方法应根据患者年龄、生育要求、临床症状、囊肿大小等而定，对于首次发现，体积＜3cm且无临床症状的囊肿，无需立即手术治疗，定期观察即可。3个月后复查B超发现囊肿大小无明显变化，一般为良性包块，继续观察即可。如复查发现囊肿已消失，一般为生理性囊肿。对于囊肿体积较大，甚至达到20cm者，应及时进行手术治疗。
右侧附件区囊性回声说明附件区有囊肿，如果囊肿在5cm以内，可以观察，因为大多数都是生理性的，就是卵泡囊肿或者黄体囊肿，一般1-2个月以后这种囊肿就会消失。如果超过2个月囊肿仍然没有消失并且逐渐增大，就有可能是卵巢肿瘤，需要做手术。
严格来说，手术并不是大的。在临床上，每一次手术都要经过术前、术中、术后的全面评价，才能进行个性化的治疗。
囊肿的大小、部位、性质、年龄、生育要求、术后病理结果与手术方式有关。对体积较小的卵巢囊肿，只需做简单的囊肿摘除；若术后发现有恶性病变，则需行右输卵管或卵巢切除术。术后患者要做好充分的休息，不要熬夜。
右侧附件区囊性包块可能是生理性原因和病理性原因共同导致的。右侧附件区囊性包块很可能属于卵巢囊肿，如果考虑生理性卵巢囊肿可以服用桂枝茯苓胶囊、花红片等。患者在治疗期间应该注意休息和饮食卫生与习惯，不吃刺激性较大的食物，同时根据囊肿的大小，超声特点采取观察或手术治疗。如果是病理性囊肿，一般需要去医院通过手术切除，并且在术后按时换药，从而避免感染。
右侧附件区囊性包块分为生理性的和病理性的。如果是怀孕以后，出现右侧附件区囊性包块的情况，一般是生理性的，妊娠结束后2到3个月会自然消退，无需特殊处理。病理性的右侧附件区囊性包块，常见于炎性包块、子宫内膜异位囊肿等情况，这时建议女性做肿瘤四项化验，如果化验无异常，且囊肿小于三厘米，可以随诊观察，如果化验有异常，有分隔回声不均的情况，或囊肿大于三厘米，建议女性在医生的指导下采取腹腔镜下手术治疗。
右侧附件区囊性包块就是在右侧卵巢部位出现了一个包块，不是实性的，是囊性的。囊性包块里多数就是液性暗区，也就是囊液，这种包块可大可小，小的包块多数是滤泡囊肿，这种生理性的囊肿一般可以自然消失。
巧克力囊肿如果其他的囊肿大，建议患者前往医院进行手术，手术后还需要进行病理检查，要等待病检结果进而再进行鉴别。