可以考虑定期观察，防止恶变.如果囊肿较大，可以考虑传统手术，开刀切囊肿的方法。也就是对囊肿开窗引流治疗或剥离治疗，也可以选择腹腔镜下切囊肿，切口比较小，但是花费相对多一些，还可以选择中医保守治疗。
肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。
一般来说，小孩鼻囊肿根据实际情况来处理。具体分析如下：
小孩鼻囊肿有很多种类型，通常不是很大，可以先观察，然后再进行保守疗法，同时要做好鼻子内部的卫生，并定时进行检查，一般都能自己消化，但若囊肿继续扩大，或是出现了大量的破裂，则必须进行外科治疗。
家长应该让患儿注意休息，保持环境安静和室内空气新鲜，应该多吃含钙丰富的食物，如奶制品、豆类、豆制品等，适当运动。
口腔囊肿以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。
腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。
严重的卵巢囊肿建议尽快手术给与治疗，并且在月经干净三天到七天做手术，手术之前可以抽血检查妇科肿瘤三项来了解癌胚抗原癌肿抗原是否异常，患者可以选择腹腔镜手术，无论是哪种方式都建议在手术后将切除的肿瘤送病理给予化验。
如果是在手术过程中发现或者怀疑囊肿有恶性变，建议做病理切片给予诊断，再在以上的指导下决定手术范围。
