如果直径大于5cm或者伴有明显的腰区胀痛、坠胀等，可以治疗。现在多采用经腹腔镜囊肿去顶术，手术创伤小，恢复快，效果好。也可以采用彩超引导下囊肿穿刺抽液，注入硬化剂治疗，但复发的机会比较大，现在常常用于不能耐受手术，年龄比较大，体弱者。肾囊肿药物治疗是无效的。如果肾囊肿伴有钙化，更应该及时到泌尿外科就诊。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
对于肾囊肿的治疗原则是持续观察，必要时需要考虑手术治疗需要结合肾脏彩超结果及肾功能情况需要继续保守观察还是马上手术治疗，一般尽可能选择微创手术，如腹腔镜等。保证充足的睡眠质量。
单纯性肾囊肿多无症状，对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。
艾灸是不能治疗肾囊肿的，药物也不能治疗肾囊肿，肾囊肿的发病的原因是扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
