多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
肝囊肿的情况的，只要没有影响肝功能，并且定期复查，囊肿没有什么变化可以不用处理的，肚子胀痛的情况不一定和肝囊肿有关系的，如果肝囊肿持续增大，影响了肝功能那么是需要积极治疗的。
如果肝脏疼痛是由于多囊肝导致的，特别是肝脏的囊肿导致肝脏损伤引起的。就需要考虑给予手术治疗。需要检查肝脏囊肿的情况和肝脏功能，判断肝脏有没有损伤，如果有明显损伤，需要及时的给予保肝治疗和手术治疗改善。
多囊肾多囊肝可以穿刺抽液来治疗。多囊肾多囊肝属于常染色体显性遗传性疾病，治疗主要是针对并发症的治疗，以及预防囊肿的增大，首先是饮食方面，不吃巧克力，咖啡，浓茶等含有咖啡因的饮料。
多囊肝由于遗传因素导致，由于基因缺陷引起，会导致肝脏的多发囊性改变。
这种情况多伴有肾脏的多囊现象，所以应该进行肾脏的彩超检查，确定一下肾脏的情况以及进行遗传基因的检查，并且考虑配合中药调理，通过中药调理来延缓多囊肝的进一步的发展有一定的效果，不过效果有限。
这种情况除了进行中药调理，还要进行遗传病学的相关检查以及积极治疗等，还要根据患者的情况定期复查肾脏彩超、肝脏彩超等。患者需要注意的是，平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
先天性多囊肝和多囊肾等病史，是一种先天性的遗传性的病变，如果没有明显的不适可以不用特殊的处理，如果出现腹部疼痛，血尿，腰痛，肝肾功能不全等情况需要及时的行手术切除及保肾保肝处理，以防病情加重。
