应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；症状及病变均严重的无生育要求可行性手术。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
如在切除子宫得同时，还有卵巢巧克力囊肿，需同时囊肿核除。切除子宫后巧克力囊肿还会复发的，一般巧克力囊肿的情况还是有复发的可能的，建议手术后配合药物预防反复的情况。
巧克力囊肿手术后，一般的一个月以后就会来月经的，是按手术的时间推算的。手术一般都是在月经干净后做的手术。术后清淡饮食忌腥辣，避免着凉。不要担心，保持情绪良好，在此期间，顺其自然就可以了。主要的是要注意术后的疗养。
怀孕5个月的话是能吃巧克力的，因为巧克力本身的话对小孩子也不会有很大的伤害。吃太多巧克力增加了体内糖、热量的摄入，可能会导致妊娠糖尿病的发生，而且过量的摄入糖分会导致宝宝体重过大，出现难产的可能。
