进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
肝炎检查项目包括乙肝两对半、肝功能、HBV-DNA检测、B超等。两对半主要是检查是否是乙肝病毒的。肝功能异常再做甲肝，丙肝，戊肝等检测，确定属于哪种肝炎。确诊属于哪种肝炎后，对症治疗。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
精液检查的要求是在检查的4到7天内禁止性生活，精液检查一般是通过自慰或者按摩而射精，所以在检查之前需要把手及阴茎和会阴部位进行清洗干净，晨起采精要比其他时间好一些。精液检查可以作为夫妻双方的备孕检查，一些有不孕史的男性可以通过精液检查，来看精子的活力是否足够、精子是否有畸形的情况，看看是不是患有无精症等，针对不同情况可以先给予一定的治疗，另外对精囊炎、睾丸萎缩等疾病也有很好的判断。
血清免疫学标记：常用酶联免疫试验（ELISA)或放射免疫测定(RIA)法检测血清HDAg和抗-HD。急性HDV感染时HDAg仅在血中出现数日，随之出现抗-HDlgM，持续不间断时间也较短。协同感染HBV和HDVB寸，抗-HBr。IgM同时阳性，重叠感染HBV+HDV时，常表现为抗-HBcIgM阴性，抗-HDIgM和抗-HBcIgG阳性。慢性HDV感染时抗-HBclgM持续不间断升高。
