可以检查脑实质，侧脑室，中线结构，鞍区，双侧乳突，双侧眼球及眼眶，以及部分鼻窦和鼻咽。磁共振在临床上的应用非常广泛。磁共振检查头部，对于头部所存在的绝大部分问题都可以查出来，磁共振对软组织的检查更具优势。
小儿因其体内很多脏器尚未发育完全，磁共振（MRI）作为一种安全、无辐射检查手段，是一种较为理想的影像检查手段。
磁共振可对中枢神经系统内儿童颅内肿瘤，各类脑炎，先天性发育异常，新生儿缺血缺氧性脑病等进行检查。头颈部可发现血管瘤，腺样体肥大等。腹部，泌尿系统可查消化道及泌尿系先天发育畸形，间叶组织起源肿瘤。四肢，脊柱骨关节可检出先天发育畸形和骨骺缺血坏死。
做头部磁共振的时候，跟磁共振检查都是一样的。首先就是自己做好准备，肚子不要太饿也不要太饱，大小便先排掉，这样就会比较轻松一些。另外就是身上的金属异物都要拿掉，尤其是发卡。
一般情况下，骨折后做核磁共振能检查骨折具体情况、并发症情况等，具体内容如下：
1.骨折具体情况：骨折后做核磁共振能较为清晰地明确骨折具体情况，有助于确定是否存在骨折的情况，有助于明确骨折的形态、移位等情况。
2.并发症情况：骨折后做核磁共振能够判断骨折处周围肌肉是否存在损伤、肌腱是否断裂、韧带是否撕裂、内脏是否有损伤等，也可以观察到血管、神经、脊髓、脑组织等软组织的情况，因此，骨折后做核磁共振有助于明确骨折后的并发症情况。
一般情况下，小儿矮小症与小儿体内的激素水平有一定的关系。通常需要重点注意小儿的头部、垂体部、肾上腺等部位是否发生病变。有矮小症的小孩通常需要做磁共振检查，能够发现头部、垂体、肾上腺分等部位的微小病变，因为磁共振检查的分辨率比较高，能够发现微小的病变。因此，小儿矮小症有必要做核磁共振。如果小儿患有矮小症，应及时就诊，在医生的指导下进行治疗。
做头部核磁的检查大概需要10分钟至半个小时，所以在这个过程中患者一定要配合。如果患者在做扫描的过程中头部动了，检查出的图像会有一些伪影清晰度不够，所以说患者做头部磁共振的时候要注意配合，保持头部的位置固定不动。
