巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位子宫内膜发生脱落出血，在卵巢形成类似巧克力样的包块。发现恶性卵巢肿瘤者，应先予手术，术后予以中西药综合治疗。注意休息，良好的睡眠，避免过度劳累，清淡营养饮食，戒烟，戒酒。
术后注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，手术后注意增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速好，可以增加体力。选择鱼类，鱼肉比较容易消化和吸收。注意休息，禁食辛辣生冷刺激东西，适当活动，增强身体抵抗力。
巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。可以去专业正规的医院进行检查和治疗。日常饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
巧克力囊肿早期可能会没有明显症状，如果囊肿进一步增大，可能会有痛经，腹痛症状。巧克力囊肿一旦确诊，建议手术治疗，如果直径较大，症状明显，可以先药物治疗缩小病灶，然后再在腹腔镜下手术治疗。
