金属特别是钢铁类的物品，对磁场有很大的干扰，影响磁场的均匀性，被吸引到机器上会对机器产生撞击，影响主磁场的稳定性。轻者会影响检查结果，重者会危及患者生命，损坏机器。
脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。
磁共振和核磁共振是一种检查的两种不同名称，核磁共振是一些对磁共振检查的另一种称呼，还是叫磁共振比较正确，它们的原理是相同的，是同一种检查方式，都是在磁共振仪器的磁场作用下产生共振。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
心脏核磁共振可以检查心脏肿瘤，先天性心脏病，心肌病，冠心病，瓣膜性心脏病等。心脏核磁具有良好的组织分辨能力，可以评价心脏的位置大小，心室壁的厚度，心室腔的大小，心房和主动脉根部的内径，心包的结构以及心脏相邻脏器的关系。
磁共振是完全可以进行全身各个部位检查的，比如头颅，心肺，腹部和四肢关节等方面，例如CT可以发现脑外伤、脑出血、脑肿瘤、异常血管、脑萎缩等，可以检查胸壁、肺部以及纵隔的病变，对于肝脏占位性病变，以及全身骨骼病变都较其它的影像学检查方法更具有较大的优势。
