金属特别是钢铁类的物品，对磁场有很大的干扰，影响磁场的均匀性，被吸引到机器上会对机器产生撞击，影响主磁场的稳定性。轻者会影响检查结果，重者会危及患者生命，损坏机器。
脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。
核磁共振的检查是没有什么痛苦的，不痛，只是在做检查前，医生会让患者配带鞋套和给点棉球当耳塞，把耳朵堵上。因为核磁共振的检查就是声音会响，做的时间会长，但是不会痛。
磁共振和核磁共振是一种检查的两种不同名称，核磁共振是一些对磁共振检查的另一种称呼，还是叫磁共振比较正确，它们的原理是相同的，是同一种检查方式，都是在磁共振仪器的磁场作用下产生共振。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
