进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
增强CT是通过注射造影剂后再行扫描的方法，这样可以使器官与病变内的碘浓度产生差别，形成密度差，使病变显影更加清楚。增强CT的应用范围非常广泛，可以检查颅脑外伤、脑梗塞、脑肿瘤、心包肿瘤、心包积液、肺部创伤、肺部的感染性病变、肺部肿瘤；对于实质性器官、肝脏、胆囊、脾脏、胰腺、肾脏、肾上腺等器官的肿瘤，骨与关节的各种疾病都可以检查。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
MR检查也就是MRI检查，就是核磁共振检查的英文缩写，是经常说的核磁共振。核磁共振检查是经常被用到的检查，大概原理就是利用电磁场的作用，对身体软组织以及其他的组织进行成像，从而辅助诊断疾病。
粪便脓液-粪便脓液检查，检查方法简单，结果直观，肛门指检-肛肠疾病是临床常见的疾患。其中以痔疮、肛周脓肿、肛瘘、直肠良、恶性肿瘤居多。绝大多数的肛肠疾病可通过肛门指检作出初步诊断，而肛门指检又是极为方便的措施。
