局部用药，用于部分皮肤和粘膜念珠菌病，全身用药用于局部用药无效的皮肤粘膜念珠菌病，以及部分粘膜系统性念珠菌病的治疗。药物选择，由于耐药菌株的不断增加，应根据真菌的药物敏感实验来选择药物，在经验性治疗中对于皮肤粘膜念珠菌病，通常使用吡咯类药物，相对安全有效；而对于侵袭性念珠菌病，两性霉素B和吡咯类药物均可采用，但如果是重症感染或重要部位非白念珠菌感染，则两性霉素B优先考虑，待药敏结果出来后再做调整。
念珠菌感染治疗原则是消除诱因，同时用抗真菌的药物治疗。首先消除诱因，比如停用广谱抗生素，积极治疗糖尿病，不要穿过紧的裤子，注意性生活卫生，勤换内裤，用过的内裤，盆或者毛巾，用开水烫洗。其次药物治疗，有全身用药和局部用药。
念珠菌感染是在月经期前后、停经期或生产后，当阴道酸度减少，霉菌和细菌之间正常平衡被破坏，念珠菌数量会急速增加而造成感染。其症状为灰白色乳酪状白带，奇痒无比。
建议局部外用苏打水冲洗阴道后，用制霉菌素栓或克霉唑栓等阴道上药。如果伴有外阴瘙痒的增长，配合外用达克宁霜涂抹外阴。如果孕妇感染时以局部用药为主。
如口腔、外阴、阴道白色念珠菌感染等的治疗：轻者以局部治疗为主，重者考虑全身治疗。口腔感染治疗通常使冲洗及含漱的基础上给予外用药，疗程一般为7～10日。念珠菌感染无性别差别，可累及任何年龄组，包括未出生的胎儿，感染可侵犯人体几乎所有的组织和器官。累及多个系统或脏器成播散性念珠菌病，包括念珠菌血流感染。
男性念珠菌感染需要进行抗真菌治疗，因为念珠菌是属于真菌类的病原体，所以在治疗过程中，需要选择口服广谱的抗菌药物，另外也有比较多的外敷药物，也具有抗真菌的药效果，如果男性念珠菌感染比较严重，可以选择口服药物和外敷药物，同时联用，效果会更好。
