乙肝小三阳肝功能异常的治疗尚没有特异性，主要的治疗是抗病毒治疗，恢复肝功、抗病毒、阻止肝纤维化三结合。没有一种药物可以直接杀灭乙肝病毒，而自身的免疫系统可以清除乙肝病毒。应恢复肝功能，免除肝功能持续损害，避免肝硬化的发生。
乙肝小三阳肝功能异常，表明体内乙肝病毒对肝细胞已构成损伤，或受周围环境的影响而诱发，可以通过药物治疗、日常护理等方式进行处理。
患者需要及时就医，并且根据自身情况进行合理用药，同时还应该做好心理上的护理工作。建议病人在发现自己的疾病后，马上去正规的医院进行检查和治疗，以免耽误病情，因而错失了治疗的最佳时机。如果没有及时得到诊断的话，可以继续服用保肝药物进行治疗，同时也可以配合使用抗病毒药物进行治疗。治疗过程中必须遵医嘱，切勿自行随意停药，以免影响疗效。同时要定期复查一下肝病指标，及时进行调整。
此外，平时要注意休息和进食，可以增强身体抵抗力。
需要化验乙肝五项，一般吃饭感染乙肝的几率不大。乙肝是传染病是由于乙肝病毒感染导致的症状，乙肝主要通过血液，性交以及母婴垂直传播而传播。乙肝小三阳，乙肝病毒在体内仍然具有一定传染性。即乙肝五项化验中第一项乙肝表面抗原，第四项乙肝e抗体以及第五项乙肝核心抗体阳性。但是乙肝不会通过吃饭而传播。
对于乙肝小三阳肝功能出现了异常，进一步完善乙肝病毒DNA检测，如果乙肝病毒提示有复制，则需要抗病毒治疗，如果乙肝病毒DNA是正常的，可以口服一些药物进行治疗，其次，在治疗后要复查肝功能。
不同的疾病，治疗的费用也是不一样的。肝功能异常说明肝脏处于一个受损阶段，需要引起重视。不要贸然使用药物进行治疗，完善肝功能，DNA等相关检查后在明确详细的治疗，因为任何药物都是需要经过肝脏代谢的，贸然使用任何药物，对肝脏都有可能会造成再次损伤。建议明确检查，接受科学合理的治疗。
需要通过抗病毒，保肝护肝的药物系统治疗才能更好改善。乙肝小三阳乙肝病毒在体内仍然具有一定传染性。因乙肝病毒明显高出正常。代表乙肝病毒在体内仍然具有一定复制几率。需要通过抗病毒的药物可以口服齐多夫定和拉米夫定，药物系统治疗可以更好的改善。