大多数时候病人是感觉不到疼痛的，因为微创巧克力囊肿手术，大多数的时候都是用全身麻醉，手术过程中病人不会感受到疼痛，但是在手术结束后，病人会感受到伤口上的疼痛。在恢复期间，病人可以配合医院的药物，减少疼痛。
还是有怀孕的可能性的，注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
行经前后，注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。谷类、豆类、薯类作为主食，均可食用，无需避免；肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好；清淡疏利之品较为适宜；干果不忌，可随时食用；养生行血，核桃温阳，大枣、桂圆益气养血，更为适用；家禽家畜、蛋乳、鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好。田螺、蛤蚌、蟹、鳖偏凉食，宜少食。过于肥厚之肉品忌食。
巧克力囊肿微创手术是在腹腔镜下做的手术。全身麻醉成功后，在腹部打3-4个小孔，约0.5-1.5公分，充入二氧化碳气体，再行手术治疗。手术的方式是因年纪、症状、有无生育要求、内异症分期等来综合考虑的，分为保留生育功能手术、保留卵巢功能手术。手术结束后，再放掉充入的气体。
女性巧克力囊肿是妇科常见疾病要及时手术的，一般要一两个星期的，术后恢复需要一个月。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症。手术不能治好。术后必须配合药物产生闭经疗法防止复发。
