多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
对于多囊肾的患者如果肾功能，肝功能正常，一般不严重。不同的病人疾病发展的进展不一样，在出生后绝大多数患者双肾都会有多个囊肿，肝脏也会有囊肿，以后疾病进展正常，肾脏、肝脏就会布满大小不等的囊肿，它会压迫肾脏的实质，使正常的肾单位明显减少。
多囊肾多囊肝可以穿刺抽液来治疗。多囊肾多囊肝属于常染色体显性遗传性疾病，治疗主要是针对并发症的治疗，以及预防囊肿的增大，首先是饮食方面，不吃巧克力，咖啡，浓茶等含有咖啡因的饮料。
多囊肝的病人如果能够进行合理的饮食，应该采取一个低钠的饮食，吃菜的时候不要吃太咸，清淡为主；另外，应该吃少油的食物，比如像肥肉就尽量不要吃，少吃一些含钾以及磷的饮食。要进行低蛋白、低脂肪的饮食。因为如果病人过多的摄入高蛋白的食物，需要通过肾脏排泄，加重肾脏的负荷，对肾功能损害可能会进行性加重。
多囊肝、多囊肾是一种常染色体显性遗传疾病，临床上相对较为少见。对于没有肝功能和肾功能损害，没有临床症状的多囊肝、多囊肾，患者的生活质量正常，而且在避免肝功能和肾功能损伤的情况下，可以获得长期的生存，十年、二十年甚至三十年等。
