体外碎石的危害是可能导致永久性肾单位损失，并可导致一系列长期的不良反应，主要表现为肾实质损伤及包膜下血肿，肾盂破裂，肾单位永久性损失弥漫性纤维化瘢痕，完全性肾乳头坏死，甚至不可逆的急性肾功能衰竭。
主要就是肾脏的损伤。这一般都是因为结石体积比较大，直径超过两厘米、质地比较硬、多次碎石导致的；另外就是肾脏碎石后出血，这一般是因为反复多次碎石，两次碎石时间相隔太短，少于两周导致的；最严重的危害就是感染，这一般是因为结石本身已经导致梗阻，肾脏有感染，碎石导致细菌入血，引起败血症、脓毒血症问题，严重的有生命危险。
体外碎石对身体是有一定的影响的，即使是碎石以后，是需要喝一些中草药把体内的泥石，沙石彻底排出体外，防止碎石堆积再次形成结石。可以直接用石通草煮水喝帮助排石，不需要碎石。
肾体外碎石的危害不大，这种体外碎石对身体肾脏并没有实质性的一个影响，但是这种结石要根据位置和大小的不同才能选择不同的治疗方式，要到泌尿外科或者是结石科室来检查彩超，这样才能做出一个明确的判断，根据结石的位置和大小不同来选择下一步的治疗方式。
出现输尿管的水肿、感染、出血等。如果有不适症状出现后，术后需要抗炎、解痉止痛治疗，并且在术后1-2周左右需要复查彩超，了解结石的粉碎以及排石情况，避免碎石后结石嵌顿在输尿管，引起肾积水的情况出现。
体外碎石后会导致病人腰部疼痛，这种腰部疼痛不是由于腰椎系统疾病导致的，而是由于泌尿系改变导致的。体外超声碎石，粉碎肾脏内的结石或泌尿系结石，会对肾脏或输尿管产生明显的刺激。体外超声波对肾脏和输尿管，也会有比较小的刺激。
