一般来说，盐酸舍曲林作为选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，副作用较少。
目前常见的副作用主要是服药初期的胃肠道反应，如口干、口苦、恶心、呕吐、便秘、腹泻等。这些症状可以在服药后一周左右消失。还有其他副作用，如头晕或头痛，以及过度兴奋甚至焦虑，如果严重的话，也可能导致躁狂的风险。
对于男性患者，舍曲林的副作用可能导致射精延迟。如果长期服药，肝肾功能可能受损。
一般情况下，盐酸舍曲林片治疗早射有一定的作用。具体分析如下：
盐酸舍曲林片，主要是一种能缓解紧张焦虑的药物，临床上也有治疗早射的功效。对于男性的早射，可以在医生指导下使用帕罗西丁片、氟西丁片等药物进行治疗。如果是由于龟头敏感导致的早射，可以在局部使用利多卡因进行局部麻醉，从而减少对阴茎的龟头性，从而缓解症状。
盐酸舍曲林片不良反应有胃肠道不适，例如恶心、呕吐、腹泻、厌食，也会出现头痛、头晕、疲乏无力、嗜睡以及失眠等不良反应。另外，它还可以出现过敏性皮疹以及性功能减退等少见不良反应。
盐酸舍曲林片是一种新型的抗抑郁药，也称之为选择性五羟色胺再摄取抑制剂，能够有效改善抑郁情绪，也有一定的抗焦虑作用，临床上主要用于医治各种类型的抑郁症。其常见的副作用表现为抗胆碱能作用，例如可引起口干、便秘、排尿困难。有些可以表现为头痛、头晕，嗜睡。或者出现心悸、心前区不适等。双相障碍抑郁患者，长期服用舍曲林，可以诱发躁狂发作。副作用两三天就可以逐渐消退。
盐酸舍曲林片作为一种五羟色胺再摄取抑制剂被应用于抑郁症，焦虑症，强迫性神经症，躯体化障碍以及其他心理疾病的治疗。
超量使用可产生更为严重的药物不良反应如困倦，头昏，头痛，恶心呕吐，心动过速，血压增高或下降，震颤，焦虑激越。服用超大剂量可发生意识障碍，昏睡或昏迷，瞳孔散大而危及生命，发现后需马上送医急救。
盐酸舍曲林禁用于对舍曲林过敏者。禁止与单胺氧化酶抑制剂合用。维持治疗期间，用药应根据疗效调整剂量，并维持最低有效治疗剂量。有的患者可能还会头晕，但是一到两周以后，患者就会耐受这些副反应，这个药是一个比较安全的药物，没有明确的禁忌证，当然对于这个药如果过敏的话就不能吃了。