第一针和第二针疫苗最晚不要超过48天，接种乙肝疫苗要按照规定的时间接种，不可以提前接种，但可以稍微延后接种，种第一针乙肝疫苗之后可以产生一定的抗体，后面的两针是加强针，间隔的时间太长，不利于乙肝表面抗体的形成。
乙肝疫苗第二针在接种一针后28天即可接种，但最晚不能超过60天。乙肝疫苗全程接种三针，免疫程序为0，1，6，即当天注射一针，1个月以后注射第二针，6个月以后注射第三针，一共半年完成全程免疫接种。
乙肝疫苗的第二次注射是在第一次注射后一个月，因为抗体生产和消费的时间限制正好是一个月。因此，预防性疫苗接种可以推迟，但不能提前，但如果没有特殊情况，疫苗接种应在规定时间内进行。第二剂疫苗最迟不超过两周。
正常足月出生的新生儿，生后24小时内要接种乙肝疫苗第一针；一个月龄时要接种乙肝疫苗第二针；六个月龄时要接种乙肝疫苗第三针；每次五微克。如果母亲是乙肝病毒携带者，生后六个小时之内要肌内注射高价乙肝免疫球蛋白100-200IU，同时更换部位注射乙肝疫苗10微克。如果母亲乙肝DNA定量阳性，那生后半个月的时候，要重复注射相同剂量的乙肝免疫球蛋白一次。
乙肝疫苗第2针一般在满月后接种，但是如果孩子有异常情况，比如发热，黄疸，流涕，咳嗽，腹泻等症状时，是不能接种疫苗的，因为会使病情加重，对孩子的身体健康造成损害，此时应该延期，积极治疗疾病，直到病情完全恢复时进行接种。
乙型疫苗全程接种按照0，1，6个月程序，即接种第1针疫苗后，间隔1及6个月注射第2及第3针疫苗。新生儿接种乙型肝炎疫苗越早越好，要求在出生后24h内接种，新生儿的接种部位为大腿前部外侧肌肉内，儿童和成人为上臂三角肌中部肌肉内注射，单用乙型肝炎疫苗阻断母婴传播的保护率为87.8%。
