肥厚性疾病的处理相对困难，以不一定能根治为主。
肥厚性心肌病以改善症状为主，降低并发症，防止猝死的发生，其中，药物治疗为肥厚性心脏病治疗提供了依据，以流出道梗阻为治疗目标的药物包括β受体拮抗剂，非二氢吡啶类钙通道阻滞剂等。当存在心衰时需针对心衰进行药物治疗，在伴有房颤的情况下，需给予抗凝治疗。对胸闷不舒服患者，应用硝酸酯类时，应引起重视，要排除外流道梗阻，以免用了以后加重病人的病症。非药物治疗以手术为主，酒精室间隔消融术为辅，及起搏治疗，对现在的病人普遍建议酒精室间隔消融，但还需结合适应症而定。
肥厚性心肌病常有明显的家族史，目前认为是常染色体显性遗传病。治疗以B受体阻滞剂及钙通道阻滞剂为最常用，以减慢心率，降低心肌收缩力，减轻流出道梗阻，常用的药物有美托洛尔或维拉帕米等，避免使用增强心肌收缩力的药物，以免加重左室流出道梗阻。
肥厚性心肌病需根据具体病症进行治疗。
肥厚型心肌病一时之梗阻性肥厚型心肌疾病，针对该病的治疗，可以选择药物保守治疗，常用的药物有纠正心衰的药物、逆转心室重构的药物，例如β受体阻滞剂等。梗阻型肥厚性心肌疾病比较危险。因为梗阻往往会出现低血压、恶性心律失常、心绞痛等症状。如果心排血量受阻，会导致机体供血不足，脑供血不足，冠状动脉供血不足，这是非常危险的。一般都会选择无水酒精消融，这样可以减轻梗阻，从根本上治疗。
对于没有明显的临床表现，没有明显的临床表现是可以不必进行治疗的，这是由于病人的生命中没有明显的表现。若病人有临床表现，并有可能是因此病所致，可以服用美托洛尔，服用美托洛尔片；若病人的病情没有好转，可以转而使用维拉帕米。同时伴有心脏功能不全的病人也可以使用呋塞米片利尿；同时出现心律不齐的情况下，可以口服氨碘酮来提高心率。
肥厚性心肌病一般不会引起晚上血压高。
肥胖性心肌病主要包括肥厚性非阻塞性心肌病，一般不会对血压造成任何的伤害，而肥胖性心肌病与肥胖性心肌病无关。肥胖性心肌病并不会造成晚间的血压高，除非是心力衰竭，或者是心脏疾病较重，否则会造成血压增高。还有就是肥厚性阻塞性心肌病，肥厚性阻塞性心肌病，其心脏的射血功能会受到很大的影响，从而引起周围血液容量的下降，从而引起血压下降，因此并不会引起高血压，但是夜间血压高要注意是由于原发性高血压没有得到有效的治疗。
通常情况下，心尖肥厚性心肌病晚期可以通过药物、手术进行治疗。
心尖肥厚性心肌病还没有特效的药物，主要是口服倍他受体阻滞剂和血管转换酶抑制剂。药物的用量可以根据患者的血压和心跳来进行调节。倍他乐克、蒙诺等是典型的药物。到了后期，还会有心力衰竭等多种心律不齐。治疗多种并发症。可以利尿，扩张血管，增强心脏功能，缓解症状。抗心律失常的药物用于治疗各类心律失常。根据手术指征及病人的特点，选用外科手术，并将其切除。