正规的医院脑内科都可以治疗，疾病脑囊虫是一种慢性脑部疾病是由于大脑神经元细胞受损产生异常放电后引起的一系列症状。引起记忆障碍、智力下降、性格改变，又可促使发作次数增多;.对行为的影响。何疾病都有引发后遗症的概率、脑囊虫病也不例外、因此当脑囊虫后、切不可不闻不问、要及时做好防御工作、降饮食当感觉身体不舒服时应该及时去医院做检查。
患有脑囊虫病应该及时住院治疗。脑囊虫病的治疗主要包括驱肠虫治疗、对症治疗和外科治疗。驱肠虫治疗期间，大量囊尾蚴会死亡，引起严重的炎症反应，可导致症状加重，癫痫发作频繁，颅内压增高，甚至脑疝，从而危及生命。如果脑囊虫在脑室或脑池内，虫子可能已经死了，但它造成了炎症反应，引起了粘连、脑积水，这时候的治疗不是治疗虫子，而治疗它引起的这些病，往往是需要手术的。
脑囊虫病抽搐需要通过手术来治疗的，会经常出现抽搐无法控制，而且症状有可能会越来越严重，所以，必须去脑外科做一个系统的检查，多数是需要通过手术，因为长时间刺激，还有可能会发生感染加重的情况。
囊虫病要进行头颅的CT或者是磁共振的检查，来明确大脑之内寄生虫的数量、部位，以制定合适的治疗方案。必须在住院的情况下，在严密的监测下进行杀虫治疗，除了杀虫治疗之外，还要进行对症的支持治疗。
脑囊虫病治疗的方法有药物治疗和手术治疗。通过药物将脑囊虫杀死，囊虫破溃时可能会有明显的症状，如颅内压增高、抽筋等，颅内压增高比较明显、急剧颅内压增高，或急剧的脑水肿时，需要手术治疗。