大部分男性感染衣原体后无症状产生，也可能会出现以下不适症状：
1、反复尿痛，尿道不适，瘙痒，刺痛感或灼烧感。
2、沙眼衣原体能引起非淋球菌性尿道炎并有排尿不畅的排尿不尽感，偶见黏液丝随尿液排出，少数病人有稀薄脓性分泌物，尿道发红。
3、附睾感染会表现为附睾增大，硬化甚至刺痛，严重时可见阴囊发红。
男性衣原体体感染可表现为尿路刺激症状，如尿频，尿急，尿痛，尿不尽感。有时可出现尿道分泌物增加，有时可在阴茎上发现恶臭味和水样或白色分泌物。男性睾丸也会因衣原体感染而有肿胀感和疼痛感，再加上男性阴径头部出现红肿和酸痛等现象。
上述病症，都是衣原体感染的表现，建议患者及时就医诊治。
男性衣原体症状的危害主要有性功能减退、继发炎症等。
男性衣原体感染可能会导致男性性功能减退，诱发阳痿早泄等。支原体通过尿道感染的病人，会有尿道炎的表现，并且可以继发于慢性前列腺炎、睾丸炎及其他疾病。此外，支原体还可通过直接接触或间接接触而传播给患者。支原体也不断地侵染精道、精囊、睾丸、精子、精液等品质受到影响而导致不育。
男性在衣原体感染时会有尿道瘙痒的表现，有的患者有尿道刺痛或者尿道灼热。大多数患者均可在尿道口产生分泌物，呈白色稀分泌物，常伴有尿道滴白。
男性出现衣原体感染后，一般需进行中段尿或尿道分泌物培养。经尿道分泌物培养常发现致病微生物。
一般在采取有效抗生素并结合中成药物治疗后，大部分患者尿道口发麻，尿道瘙痒及尿道口分泌物等症状均可得到明显改善。
衣原体肺炎发病比较急骤，初期以发热，头痛为主，呼吸道典型症状可有咳嗽，湿啰音等，并有活动后呼吸困难，咽喉部肿胀疼痛，同时伴有捻发音，恶心和呕吐。
还有部分患者以咽炎症状出现，1~3周左右即可发展成肺炎或支气管炎等症，咳嗽加剧，并伴有可能引起肺外感染，如中耳炎、关节炎，还可合并甲状腺炎及其他疾病。
肺炎衣原体感染通常有发热、咳嗽、头痛等症状。
衣原体是临床上比较常见的致病微生物，可能累及呼吸道，进而诱发肺炎，出现发热、寒战、肌痛、咳嗽、头痛、胸痛等症状，肺部通常可闻及湿性罗音。
感染后可遵医嘱使用头孢菌素、四环素等药物，以促使局部炎症消退。