一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
打麻风乙脑不一定都发烧的，对于一些免疫力正好处于地下的时候，或者打麻风乙脑疫苗正好处于感冒没有症状期间，会造成孩子发烧的症状，但是大部分的时候，大麻风乙脑是不会发烧的。
乙脑（减毒）疫苗和乙脑疫苗的区别，疫苗是一种病毒，而乙脑疫苗中的细菌经过技术处理完全丧失活性，而乙脑减毒疫苗仍保留一定的毒力但不足以致病，但缺点是免疫缺陷的人接种可能会导致意外，所以理论上灭活疫苗安全性更高，减毒疫苗免疫效果更好。
乙脑疫苗的不良反应之中就会有发烧的症状，属于正常的免疫反应如果不超过39度，使用物理降温的方法。可以用温水擦拭身体，但注意保暖，也可以使用毛巾包裹冰袋儿，放于腋下，腹股沟处。
宝宝注射乙脑疫苗以后，大部分会出现低烧，如果体温在38度左右，可以用温水擦浴的办法进行降温。如果体温较高超过38.5度以上，就需要考虑服药退烧，发烧期间还需要观察孩子是否有咽喉红肿，口干舌燥等。