新生儿单纯疱疹病毒感染可采用隔离、避免搔抓等常规疗法，并与阿昔洛韦、万乃洛韦、泛昔洛韦、炉甘石洗剂等抗组胺药联合用药。具体是这样的：
一、总体治疗
1.儿童应在所有的皮疹结痂和干燥前进行隔离。
2.患儿发热时要多注意休息，多饮水，多进食易消化的食品，注意保持皮肤的干净，避免抓破疱疹，要剪短指甲，并在手指上缠上纱布。
二、药物治疗
1.阿昔洛韦是治疗新生儿单纯疱疹感染的首选药物。
2.泛昔洛韦、万乃洛韦具有较高的生物利用率和较好的疗效。
3.如果有皮疹，可以外用炉甘石洗剂或者是口服抗组织胺药。
4.如果疱疹破裂或继发感染，可以在局部涂抹抗生素。三、手术治疗不需要手术。
先天性单纯疱疹病毒感染的预后怎么样，需要根据实际情况来判断。
先天性单纯疱疹病毒感染后，虽然抗病毒药物可以改善神经系统的发展，但并不能减少死亡率，特别是对有中枢神经系统的患儿，虽然感染了单纯疱疹病毒，但存活下来的人的神经系统的发育并没有发生改变。早期或早期有痉挛的婴儿，其预后较差，与播散性中枢神经系统单纯疱疹病毒感染患者相反，部分患者经抗病毒药物后，长期疗效显著。
新生儿单纯性疱疹病毒感染多见于早产儿，也可发生在足月儿。病变常累及全身多个器官，主要会引起唇、口周、齿龈及喉部皮肤黏膜疱疹。临床表现可分为全身播散及局部病变两种类型。全身播散型可累及皮肤、肺、中枢神经、心脏、肾等。表现为发热、苍白、呼吸窘迫、惊厥、嗜睡、烦躁高胆红素血症、休克等。
诊断单纯疱疹病毒感染要根据皮损的形态特点、发病部位、容易复发等特点来进行诊断，实验室诊断主要用于疑难病例的确诊，包括第一方面细胞学检查，泡疹刮取物涂片可以检查出多核巨细胞和核内嗜酸性包体，并排除水痘带状疱疹就可以确诊。
单纯疱疹病毒很难根除。因为人体一旦感染了单纯疱疹病毒，这种病毒可能在人体内一直存在。当人体的免疫功能下降或者过度疲劳以及熬夜、酗酒，或者吃一些辛辣刺激类的食品等，就可能诱发疱疹病毒的活跃，造成发病的状态。
单纯疱疹病毒感染现在还没有疫苗，所以是无法通过注射疫苗的方法来预防这种疾病的，单纯疱疹病毒在治疗的时候可以考虑使用抗病毒药物进行治疗，而且还应该在生活中注意加强自己的身体免疫力。
