肺结核的治疗最主要是针对结核分枝杆菌的抗痨治疗，抗痨药物有很多种，它们的副作用根据不同药物种类而不相同。可能会引起肝损伤，还会导致血尿酸升高，出现关节痛的现象。副作用大的情况下要赶快停药。
最常见的副作用，常表现为胃肠道反应，如恶心，呕吐，或者黄疸，或无反应，听力下降，前庭功能损伤。肾功能损伤：表现为眩晕，共济失调，肾功能指标上升等。出现以上副作用的时候，必须停药。
抗结核类的药物，一般副作用会出现肝损伤，肾损伤，关节痛，转氨酶升高，黄疸升高，头晕嗜睡，头痛乏力，周身不适，视力减退，甲状腺肿大过敏等症状。有很多也会出现胃肠道反应，比如恶心，呕吐，腹胀，腹痛等症状。
肺结核药物的常见副作用有恶心、呕吐、腹部不适等胃肠道反应，还有肝、肾功能损害等严重不良反应，尤其是毗嗪酰胺、利福平等药物。结核病还可能导致关节痛和视神经的损害，这种情况往往是由服用乙胺丁醇引起的。肺结核患者在出现明显副作用时，可以在医嘱下调整目前所用药物，并添加维生素、甲钴胺或护肝药物等，必要时应暂停治疗。
抗结核药物异烟肼常见的不良反应有中枢神经系统中毒症状：烦躁，兴奋等，肝功能异常，还可能出现过敏反应，胃肠道反应：恶心，呕吐等症状。乙胺丁醇常见的不良反应有球后视神经炎，停药后可以恢复，吡嗪酰胺常见的副作用有胃肠道反应，恶心呕吐，腹胀等，还有关节疼痛，肝脏损害。链霉素可出现眩晕，耳鸣，也可能出现过敏，肾功能损害。