由于婴幼儿的免疫系统尚未发育，感染后病毒载量较高，病毒在高水平的复制停留期较长，因此，感染后患儿病情进展较快，出现机会性感染的几率较高。因此要对婴儿进行逆转录病毒的治疗。首先要确定适合小儿的用药，可以选用较小的药片或口服液，便于小儿吞咽，并在不影响药效的情况下添加少量的其它食品来提高药品的口味。可以选择小儿治疗，可以选择齐多夫定+拉米夫定+奈韦拉平，同时要注意控制体重。
婴幼儿的免疫系统还未发育完全，体内的病毒含量较高，若不进行抗逆转录病毒疗法，其发展速度会快于成人。新生儿艾滋病的治疗要克服自己的吃药问题，选用适宜于婴幼儿的剂型，比如口服剂型，可以在制剂室内配制，用葡萄糖液、蒸馏水稀释后，按照规定的用量服下。
在使用抗病毒药物后，要注意观察身高、体重、头围等，以反映自身的生长状况，并适当的调整用药。要定期进行血常规、肝肾功能的检测，以了解药物的副作用，如果出现不耐受的情况，应立即进行替换。
一般情况下，小孩艾滋病皮疹应针对病因进行相应的处理，具体分析如下：
初期的窗口期皮疹主要是对症观察，可以选用炉甘石、丹皮酚等对症进行对症处理，一般是因为多种细菌感染导致的皮疹，一般采用抗真菌、抗细菌的克霉唑、莫匹沙星软膏等抗真菌、抗细菌的药物，在处理皮疹的时候要尽量不要搔痒，防止出现局部溃烂，形成难看的斑点，还可以服用转移因子胶囊来增强自身免疫力。
艾滋病可以通过抗病毒药物来治疗。在治疗过程中，通常还会监测HIV病毒载量和CD4+T淋巴细胞数，通过这两个指标可以了解病毒控制的程度、以及免疫系统受损程度和治疗效果。
艾滋病主要是由于感染了艾滋病病毒，损伤了机体的免疫系统而发病的，所以，治疗首先应该是抗病毒治疗以及调节免疫的治疗。由于艾滋病病毒造成机体的免疫功能损伤，容易感染其他各种病毒，所以其他的治疗就是针对感染的病原的治疗。如果合并肺结核时就应该给予抗结核治疗，如果感染疱疹病毒可以给于抗病毒类等治疗，如果引起恶性肿瘤就按照肿瘤的治疗方案进行。
2岁婴儿确诊艾滋病后，应尽早开始抗病毒治疗，可用齐多夫定、拉米夫定、奈韦拉平进行联合治疗。
2岁婴儿不能吃胶囊，切割片剂和使用糖浆时，药物的剂量要准确，以免糖浆变质。2岁的婴儿在服用抗病毒药物后，要定期检测血常规、肝功能，以监测药物的副作用，同时还要检测婴儿的生长状况，并根据自身的体重来调节用药的用量，这样才能起到更好的治疗作用，避免对婴儿的身体造成最大的损害。