可以选择在局部麻醉下将病变切除，手术中应该选择肛周的放射状的切口，以免术后形成瘢痕。术中仔细地分离病变和包膜，避免出现残留，切口进行结节缝合。在手术以后，急性期可以口服抗炎的药物，并且注意在每次排便之后，应该及时的进行清洗和换药。
肛周脓肿者饮食上应以清淡并含较多纤维素的食物为宜，食用有清热解毒的食品，能缓解肛门局部肿痛、渗出等症状。进行提肛训练，在意念指导下使肛门一松一紧，每次5分钟，每日2次。
肛周囊肿是因为肠道细菌进入肛窦，引起肛腺感染，蔓延至肛周间隙。多食果蔬，多吃富含膳食纤维的食物饮食上应以清淡并含较多纤维素的食物为宜，食用有清热解毒的食品，能缓解肛门局部肿痛、渗出等症状。
肛周囊肿会伴有脓肿，如果存在积脓了，可以考虑手术切开引流脓液，顺便可以把囊肿切除。需要注意对肛门周围卫生清理，如果有大便，要及时清理，用温水将肛门部皮肤擦洗干净。也可以用热水，不要温度过高。用热水给坐浴，可能也会有所帮助的。
肛周囊肿应注意休息、适当营养、多食蔬菜水果例如香蕉、苹果避免大便干燥忌食辛辣、烟酒等刺激性食物。应该选择像西瓜苹果、菠萝、橘子、梨等。因为它们都有润肠通便的作用。
肛周囊肿平时要注意喝水，多吃一些水果蔬菜和一些新鲜的果汁，少吃一些营养容易上火的食物，平时要注意个人卫生，多用清水清洗，每天换洗贴身衣物，穿纯棉较好的内裤，还要注意休息。