可以到正规医院肛肠外科就诊，做超声波，肛瘘造影等检查，明确情况，病情的具体情况，手术以及挂线等治疗方法进行综合治疗。是否容易复发需看依瘘管的位置确定。一般治疗效果良好。
目前治疗肛瘘性的疾病主要是采取手术的方法进行治疗，但是根据临床方面的统计，病人在接受了肛瘘手术后是很容易复发的，一般凡是经过肛瘘手术治疗的病人96%以上都会出现复发的现象。也就是说肛瘘手术后复发率高达96%甚至以上。
如果是低位单纯肛瘘，到正规医院就诊，由富有经验的肛肠科医生实施手术，术中准确找到感染肛腺，并且予以适当处理，术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规医院，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。所以，肛瘘术后复发率不能一概而论，要看是低位单纯肛瘘还是高位复杂肛瘘，高位复杂肛瘘术后甚至有50%的复发几率。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘，主要是切开瘘管，并将瘘管壁全部切除，创面不缝合，如果创面比较大，可以部分缝合，使创面由底向外生长，直到愈合，所以高位复杂性肛瘘手术后，更要保持肛门部的清洁，及时换药，避免复发。
肛瘘手术后复发的原因：绝大多数是因为内口没有找准确，或没有把感染的原发灶即内口彻底清除。据近年来的研究表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管。