因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。还有某些疾病如溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围囊肿。临床上，医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。
肛周囊肿形成的常见原因是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。如果脓肿的位置较深，则可能有发热、乏力等全身症状，肛周部的疼痛红肿往往不太明显。肛管直肠周围脓肿一般不能自行痊愈，如任其发展，最终脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘。应该多吃水果蔬菜维生素含量高的食物。
肛周囊肿的发病原因。系胚胎发育3~5周神经沟形成神经管时，来源于神经嵴的外胚层细胞异位残留包含于神经管内，这些残留的上皮成分成为日后发生表皮样囊肿的病理来源。病因多为毛皮脂腺毛囊周围的炎症及穿透真皮将表皮或附属器上皮植入的损伤或手术等。
肛周脓肿是由于肛窦炎造成的，多为肛腺隐窝处，肛窦感染所致，临床上常见的包括，腹泻，上火，免疫力低下等。肛周脓肿的治疗，如果处理的不是那么彻底，就会反复的发作，也有可能会导致其他的症状的发生。所以要重视肛周脓肿，选择有效治疗肛周脓肿的方法。
出现肛周囊肿主要与各种因素引起肛腺感染有关，比如痔疮、肛瘘、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染。除此之外，与医源性因素、术后因素等引起肛周皮肤损伤感染所致。