肛周脓肿对人体危害极大，可导致贫血、皮肤湿疹、肛门功能失常、败血症、毒血症、脓毒血症、植物神经紊乱等并发症，还可以引发妇科炎症等妇科疾病，导致阳痿、早泄、遗精等性功能障碍，甚至诱发直肠癌。
肛周脓肿手术后，有可能复发，因感染处出现新的脓肿，加上好的不彻底，经久不愈。平时避免刺激性饮食，保持大便通肠；勤换内裤，保持肛门部位清洁；避免剧烈活动、久蹲等，如发现不适，请立即就诊。
如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
肛周囊肿好了后，要注意局部保持干燥，平时多注意个人卫生，坚持每次大便后用水冲洗，勤换内衣多注意观察。饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，保持愉快的心情，不要熬夜。
有些肛周囊肿自己消失后，在某些诱发因素下还可能再次复发。比如肛周脓肿经过消炎对症治疗后逐渐消失、症状减退，但肛周病灶并没有完全根除，在病人免疫力下降或者劳累时会再次复发，还有血栓痔和炎性外痔，也是因为病人在劳累或者外界因素刺激下再次复发。