肛瘘手术后的后遗症有以下几种可能。第一、就是出现肛门的畸形。位于正后方的肛瘘，如果切口太大，那么有的时候伤口不会长得平整，这时候就会出现肛门的后方形态畸形，甚至会有肛内的液体溢出来。第二、就是可能导致肛门失禁。
应适当地参加体育运动，特别是要进行腹肌锻炼，以便增强腹部肌肉的力量和促进肠蠕动，提高排便能力。对于因病长期卧床的老年人。到三甲医院治疗肛瘘，及时尽早的到医院采取针对性的诊疗，同时注意卫生，不要吃辛辣刺激的食物就可以了的。要多吃瓜果蔬菜补充维生素，不要食用辛辣食物。
会有后遗症。肛瘘手术的后遗症应该是术后的并发症最严重的并发症就是肛门狭窄和肛门失禁，出现肛门狭窄和肛门失禁的原因是肛瘘病情比较重，手术损伤肛门内外括约肌和其他肛周肌肉比较多，导致术后出现控制排便功能的损伤，出现肛门狭窄和肛门失禁。
可以去医院结合具体的症状，遵照医嘱，采取下一步的治疗措施和方案，调整好心态，不要有太大的精神和思想压力，如果有少量出血现象，可以选择一些药物进行治疗。如果伴随排便异常，需要选择润肠通便促进胃肠道蠕动的药物，对症治疗。平时多喝水，不要喝浓茶咖啡，注意休息。
挂线疗法是利用橡皮筋或者有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的一种方法。一般适用于肛瘘距肛门三到五公分内，有内外口的低位或者高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的一种辅助治疗。最大优点是不会造成肛门失禁，被结扎的肌组织发生血运障碍，逐渐坏死、断开，但因为炎症反应引起的纤维化，使切断的肌与周围组织粘连，肌不会收缩过多且逐渐愈合，从而可防止被切断的肛管直肠环回缩，引起的肛门失禁。