肛周脓肿如果初期还没有化脓，单纯的局部发炎可以及时用一段时间消炎药，控制病情，如果肛周脓肿已经化脓，就得采取手术切开引流，恢复期间保持局部清洁卫生。平时要注意局部清洁卫生，要保持大便顺畅，多吃富含膳食纤维素的水果和蔬菜。养成按时排便的习惯，不能吃辛辣，油腻，生冷等刺激性食物。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
脓肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。脓肿一旦形成，即行切开引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。治疗时需要去正规大医院。
肛周脓肿首先需要应用抗生素治疗，平时经常清洗肛门处，注意个人卫生，有助于炎症消退。另外，肛周脓肿单纯保守治疗是无法完全治好的，以后还是会反复的发作等目前炎症改善消退以后，可以进行脓肿切开引流，然后按时换药消毒，这样脓肿腔逐渐长平以后，就可以治好。
需要及时去医院进行排脓以后才能进行局部碘伏消毒，然后再口服抗生素进行消炎治疗，内裤要宽松，纯棉透气，饮食方面清淡一些，避免各种刺激性的食物的摄入，不要经常坐着。
