治疗肛瘘时间实际可以可长可短。恢复期一个月左右就好了。治疗以手术为主，药物为辅。目前保守疗法，如饮用中药、外洗、外熏、切开术等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能医治肛瘘或使瘘管闭合，只有采用手术疗法，才能治好。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘手术跟肛周脓肿手术有点类似，术后恢复周期要根据感染的范围、大小、深浅而定。有些简单的肛瘘，比如皮下瘘、低位单纯性肛瘘，距离肛门不远，一般2周左右，能够好。有些相对较复杂的，比如括约肌间、括约肌上肛瘘，包括多间隙感染，甚至骨盆直肠间隙感染的肛瘘，治疗时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的治疗周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。
肛瘘通过手术医治效果会比较好的，一般需要一周左右的恢复时间，平时要注意休息好，生活习惯上要注意早睡早起、有良好的睡眠质量，避免过度劳累，卫生习惯上要注意保持肛门的清洁好干燥，多用清水清洗。
肛瘘的分类有好多种，位置在肛提肌以上的，属于高位肛瘘，存在两条以上肛瘘时属于复杂肛瘘。高位复杂肛瘘的手术需要挂线手术或是分次手术，术后排便时和换药会产生疼痛，痊愈时间都需要2个月以上才能康复。