病因主要有以下方面：血行感染糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘘；直肠肛门损伤。外伤、吞咽硬物，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口引起；由于痔疮而引起的瘘道；肛裂反复感染；便后没有清洁及饮食习惯。
内痔出血外痔痛，最常见的就是痔疮。内痔的主要临床表现是出血和脱出。肛裂病人有典型的临床表现，即疼痛、便秘和出血。确定诊断需要做肛门指诊及肛门镜检查。一般治疗：避免久坐，避免辛辣刺激性食物很重要，增加纤维性食物，改变不良的大便习惯，保持大便通畅，防治便秘和腹泻。热水坐浴可改善局部血液循环。肛管内注人油剂或栓剂，有润滑和收敛作用，可减轻局部的疹痒不适症状。
得了肛屡通过手术的治疗的，手术之后一定要按时进行换药，注意保持创面引流通畅，同时要多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果，尽量避免疲劳和熬夜。需要加强肛门的护理，肛部支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退。饮食要清淡，少吃辛辣油腻的食物，保证大便通畅。
有可能会影响正常的大便或者大便从瘘道中流出，应该去医院的肛肠科就诊，在医生的指导下用药治疗，平时要注意不要吃辛辣食物，多喝点水，多吃蔬菜、水果。有肛瘘是应该积极的治疗的，如果不积极治疗，病情加重瘘道加深，会出现疼痛症状。
肛瘘是肠道内细菌感染肛窦引起的炎症、化脓。需要及时到正规医院接受系统检查，在专业医生指导下对症治疗。确定肛瘘，多数需要手术治疗，术后抗生素药物防止感染。平时饮食清淡，不要吃辛辣刺激性食物，注意局部卫生清洁，用温水坐浴，多吃新鲜的水果和蔬菜，多喝水。