肛周脓肿属于肛周急性感染性的疾病，主要的发生原因是由于肛窦的炎症反复发作所导致，病人有明显的肛周疼痛、发热、排便困难；肛周囊肿多继发于皮脂腺梗阻而导致，主要是局部的肿物，囊性病变，触痛，通常没有发热。
肛周囊肿是皮脂腺分泌的皮脂淤积导致的，生长缓慢，一般无明显症状，肿块呈圆形，边界清楚，中央有粗大毛孔，肛门脓肿是因为肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染而导致的，其特点是发病急，疼痛剧烈，坐立不安，伴有高热。
肛周脓肿是刚组织的感染导致的，通常表现为肛周肿物并疼痛。有些人还伴有发烧等症状。大多数需要手术治疗。手术切开引流，肛周囊肿是发生于肛门旁边的一个囊性肿物，可以出现局部的压迫症状。
肛门囊肿和肛门脓肿主要区别是否有细菌感染。肛周囊肿是肛周皮脂腺分泌的皮脂淤积潴留，在局部形成囊肿（也叫粉瘤）。肛周脓肿是化脓性细菌感染了肛门腺，在早期没能控制住炎症，到中期感染就蔓延至肛门直肠的不同间隙并化脓形成了脓肿。
肛周脓肿和肛周囊肿有本质区别，肛周脓肿比较重因为不治疗容易引起肛瘘。肛周囊肿如果是不发展的可以观察，影响生活就需要手术。脓肿因为是炎性刺激需要抗炎治疗。特别重的也需要手术治疗。
