肛周脓肿可以从症状、体征和检查结果三方面来确诊。从症状上来讲，肛周脓肿发病以后，一般会出现持续性的肛门肿胀、疼痛。如果位置比较高，可能会在排便的时候疼痛加重，甚至会影响小便。
肛周脓肿属于感染化脓性疾病，但在感染初期，脓肿尚未形成时，可以采取保守治疗，少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散。但是也要做好手术的准备，毕竟大部分肛周脓肿采用药物治疗是徒劳的。
肛周脓肿症状初期是：起初发现肛门直肠周围有一个小硬块或肿块。继而局部突然出现剧烈疼痛难以忍受、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、里急后重、大便秘结、排尿不畅，有直肠刺激症状，并随之出现如体温升高、食欲不振、寒战、神疲乏力等全身中毒症状。一般1周左右即可形成脓肿。脓肿形成后在肛门周围或直肠指诊可以触到波动、柔软的脓腔。此时用注射器穿刺可抽出脓液。
轻度肛周脓肿可以用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，平时保持肛门清洁，要多食果蔬，矫正便秘，多吃燕麦、糙米等富含膳食纤维的食物，注意少吃油炸、熏烤、味香、肥美的油腻食品的。
症状会出现，肛门直肠的疼痛以及发热，直肠周围可以触及肿块伴有压痛和波动感，类似于揉动装水的气球，约半数的肛门脓肿会发展为慢性的肛瘘，就是肛管直肠与肛门皮肤相通的感染性管道。
肛周脓肿的主要症状是肛门疼痛。这种疼痛是持续性的，与大便无关，疼痛剧烈坐卧不安，食欲不振，发现肛门周围有肿块，或伴有排便困难等症状肛周脓肿一旦发生，只能手术可以治疗。