婴儿先天性肛门闭锁可以进行治疗，但只能通过手术治疗。此外，肛门闭锁分为几种类型。具体应该据当时检查的医生来判断。因此，医生应该积极配合治疗。这种疾病是畸形中最常见的疾病，所以不必感到太悲伤。
一般是能治好。先天性肛门闭锁症又称锁肛，无肛门症，根据类型选择不同的手术，如腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可治愈。术后如患儿腹胀消失，排气排便通畅，六小时后可进食母乳，并保持肛门清洁，每次排便后擦净污粪坐浴。
治疗肛门闭锁的手术方法有很多种，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，或腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。术后要注意保暖，放进暖箱。每天都帮宝宝擦洗皮肤，之后用爽身粉涂完全身。
治肛门闭锁的费用通常是1万-3万元。出现先天性肛门闭锁应外科手术治疗，其目的是重建具有正常控制功能的排便肛门，对于患者治疗的费用，病情的严重程度不一样，治疗费用也会有所差别的。
先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，常见症状有出生后无胎便，必须手术治疗。一般采用会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或是腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。缺点为术后可发生大便失禁；
可以采取骶会阴肛门成形术：又称骶会阴直肠成形术，在会阴部肛隐窝处做十字形切口。逐层缝合骶部伤口。黏膜皮肤相互缝合形成新的肛门。或是会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。