得了肛瘘不能自己治疗，需要到医院肛肠科做诊断和治疗。肛瘘一旦形成，无自愈可能，手术治疗便是惟一的治疗性手段，但近年来有人采用人工材料填充瘘管的办法治疗肛瘘，认为疗效较不错。
肛瘘表现可通过以下共同特征自己检测：排脓是其主要症状。新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管通畅无炎症，一般无疼痛，只有肛门局部轻度肿胀，步行可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，增加排便或疼痛时疼痛加重；瘙痒，肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。
长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。