肛周脓肿早期治疗方案是吃消炎药物，另外涂抹软膏，严重的就需要手术。大部分肛周脓肿由肛窦发炎引起，然后在形成脓肿。很多体表彩超照不出内口，由于相通所以口服消炎药只是控制症状，其实没有完全好的等那天吃了辛辣刺激食物或抵抗力地下又可能再次复发，那时候会加重病情。
早期肛周脓肿可以做局部的穿刺，如果有脓液，说明已经形成了肛周脓肿，须手术切开排脓引流，积极控制感染，阻止脓肿向深部组织蔓延和扩散。如果还没有脓液，可输液抗炎治疗。
对于肛周脓肿初期，可以选择手术治疗，将脓肿切开进行详细探查，脓腔的分泌物，留取进行细菌学的化验。另外，要清拭脓腔壁，避免残留。术中可能会有一些出血的发生，手术以后，脓腔首先应该进行填塞。
在肛周脓肿的早期还没有形成的时候，可以使用抗生素治疗，可以使用有效的药物涂抹。物理疗法可以进行温水坐浴，促进局部血液循环，平时要预防便秘，减轻排便时候的疼痛。如果脓肿一旦形成，就要及时进行切开引流，临床上很多脓肿切开之后容易形成肛瘘，有些常常选用挂线疗法。
婴儿肛瘘宜先行保守疗法，若无发热等全身症状，不需要用药，可用温水或中药坐浴，然后用棉花或柔软的纱布轻轻擦干，另外，要保持大便通畅和局部干燥清洁，尿布应柔软、透气性好，勤洗勤换。
不可以保守治疗。由于保守治疗容易导致继发性肛瘘的形成，肛周脓肿是一种主要由继发性肛窦炎引起的疾病，长期不能反复治愈。反复便秘和腹泻刺激直肠和肛管，当人体免疫力低下或疲劳时，可诱发局部感染并形成脓肿。