早期肛瘘可以药物治疗，肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗暂时缓解症状。
肛瘘的治疗原则是手术为主。把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。处理好瘘管及支管、死腔：要把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。
肛瘘是肛肠科常见的疾病，导致肛门红肿疼痛，局部有分泌物，或者有粪便溢出等症，是肛周脓肿造成的，可以手术治疗，药物治疗是无效的。平时需要养成多喝水，多吃蔬菜，保持大便的软化，不要吃辛辣刺激的食物，注意个人的卫生。
肛瘘的早期症状疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
肛瘘的治疗主要是进行手术，保守治疗不能成功，可根据肛瘘具体情况选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术，从资料来看可能是瘘管切开术，具体情况可咨询手术医生，术后定期换药，去除脓性分泌物，如有必要可应用抗生素药物治疗，忌酒辛辣食物。