高位复杂性肛瘘应通过手术切除病灶、术后引流和及时换药进行治疗。肛瘘主要是由于肛周脓肿或肛裂症状，未能及时有效控制，导致肛门内瘘形成和外溃疡或便血。应注意预防肛门疾病的发生，补充粗纤维食物，多运动，保持肛门局部清洁。
高位复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前倾向于将瘘管全部切除，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。认为高位复杂性肛瘘是难治性病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形，术前较难以明确其具体分支。常见高位复杂性肛瘘主要包括外口、内口，甚至可达到骨盆直肠窝。
可以依据自己的身体情况适当做一些运动的，但是注意平时要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，避免油腻辛辣刺激性食物，适当运动，戒除烟酒，也可以在医生的要求下，服用一些药物来调理。
7天-15天。肛瘘症状性，主要是肛管内部出现各种病变之后而引起肛门周边的肉芽肿性而形成各种管道性出现，而在内口瘘管出现之后，是会导致内部容易出现各种化脓性的病变，在随着肛瘘情况有所加重之后，肛内瘘口会因为长时间化脓性病变之后而引起各种破溃性出现，从而是会导致肛门外部形成各种外口瘘管的存在，会导致肛门皮肤严重性受到损害。
人们在生活中不管是患上那种疾病，在进行了手术之后，都是需要经历一段时间的恢复期的，而大家在恢复期间的饮食则会直接影响到恢复期的长短，当然对于高位复杂性肛瘘这种疾病也不例外。
高位复杂肛瘘可以做手术，需要挂线手术或者分次手术，术后排便时和换药时是有些疼的。在生活上应该减少刺激性食物，少吃油腻，腥荤食物。平时注意避免劳累，多食蔬菜水果，积极补充维生素C。