肛瘘的诊断较为简单，首先可通过患者的临床表现做出诊断，随后可进行肛周的专科检查，查看肛周是否有破溃的外口，肛门指诊时是否可触及皮下条索状管道从外口通向肛门内，如是则可诊断为肛瘘；除此之外，还可进行核磁、三维超声、腔内超声等检查辅助于诊断；目前的肛瘘手术多是微创手术，但在术后仍会有肛门部的轻微胀痛，在排除复发和感染的因素外，对于术后肛门轻微胀痛可不做特殊处理，正常换药或坐浴、及时复查即可。
肛瘘的诊断较为简单，首先可通过患者的临床表现做出诊断，随后可进行肛周的专科检查，查看肛周是否有破溃的外口，肛门指诊时是否可触及皮下条索状管道从外口通向肛门内，如是则可诊断为肛瘘；除此之外，还可进行核磁、三维超声、腔内超声等检查辅助于诊断；目前的肛瘘手术多是微创手术，但在术后仍会有肛门部的轻微胀痛，在排除复发和感染的因素外，对于术后肛门轻微胀痛可不做特殊处理，正常换药或坐浴、及时复查即可。
肛瘘的诊断较为简单，首先可通过患者的临床表现做出诊断，随后可进行肛周的专科检查，查看肛周是否有破溃的外口，肛门指诊时是否可触及皮下条索状管道从外口通向肛门内，如是则可诊断为肛瘘；除此之外，还可进行核磁、三维超声、腔内超声等检查辅助于诊断；目前的肛瘘手术多是微创手术，但在术后仍会有肛门部的轻微胀痛，在排除复发和感染的因素外，对于术后肛门轻微胀痛可不做特殊处理，正常换药或坐浴、及时复查即可。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。