如果肛瘘患者不行手术治疗，瘘管内反复会出现急性感染，严重的会再次形成肛周脓肿，然后脓腔有可能会向周围组织再次出现破溃，从而将单纯性肛瘘变成复杂性肛瘘，增加手术治疗难度。还有由于肛瘘外口时常会有反复流脓肿痛，局部炎症的刺激有可能会导致局部的变性，甚至产生恶性肿瘤的可能。
肛瘘是常见的肛门疾病。是肛管、直肠周围脓肿溃破切开后的后遗症。肛瘘大多是非特异性感染，少数是结核性的。其内口位于齿线附近，外口位于肛门周围皮肤上，长年不愈。在平时避免肛门局部的皮肤过度的刺激，并保持局部的肛门的皮肤清洁，同时并避免长时间的久蹲久坐等不良习惯。
肛管直肠瘘主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常被称为肛瘘，是指肛门周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。肛瘘不能自愈。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。