肛瘘是常见的肛肠疾病，症状有流脓，肿痛，肿块，瘙痒，全身症状，复杂或迁延日久常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状，继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。
症状多样，主要表现为瘘口反复流脓并伴有疼痛感，一般为脓性分泌物或血性分泌物，脓液积存后肛周肿胀，有疼痛、瘙痒感，按压局部有条索状硬结，病情迁延还会出现全身症状，如溃结性的克隆恩病导致的肛瘘，它会有肠道的表现，如消瘦、腹泻、便秘等。一旦发病，应及时就医诊治，积极治疗，以免病情进一步发展。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。