胃肠镜检查是按以下步骤进行的。
胃镜检查之前需要禁食八个小时，以保证胃里无食物，便于观察。还需要做相关的检查，包括心电图包括乙肝，丙肝以及相关的传染病的检查，这样做的目的就是避免出现心血管意外，以及出现镜子之间的交叉传染而做肠镜，肠道清洗干净之后，然后才可以做。
在用药期间清淡饮食，避免吃辛辣刺激性的食物以及寒凉、生冷、不易消化的食物等。
首先需要化验梅毒、艾滋病、乙肝五项，丙肝。做胃镜检查前需要空腹，然后咽部喷局麻药，过10-20分钟后，从鼻孔或口腔插入胃镜，边进镜，边观察。必要时，可以取活检。做肠镜首先需要清洁洗肠，然后，从肛门插入肠镜，边进镜边观察。最后，肠镜可以插入到回盲部。
首先需要化验梅毒、艾滋病、乙肝五项，丙肝。做胃镜检查前需要空腹，然后咽部喷局麻药，过10-20分钟后，从鼻孔或口腔插入胃镜，边进镜，边观察。必要时，可以取活检。做肠镜首先需要清洁洗肠，然后，从肛门插入肠镜，边进镜边观察。最后，肠镜可以插入到回盲部。
肝肠镜检查要先通过一些药物来造成腹泻，拉肚子的发生，以达到清空肠胃的目的，然后先从肛门插入电子结肠镜，直至回盲部，边退镜边检查，观察从回盲部到肛门这一区域的肠管是否有病变，注意进行胃肠镜检查时禁食禁水，不能服用任何食物。
如果想做结肠镜的检查，在检查头天中午和晚上要清淡饮食，不要吃粗纤维的食物，不要吃多渣的食物，不要吃油腻肥厚的食物，戒烟酒。在凌晨时，要喝清洁肠道的药品，要把肠道完全彻底的清洗干净，避免影响结肠镜检查的效果。