肛瘘手术治疗的方式有肛瘘切开引流术、置管或挂线引流术、肛瘘切开术、瘘管剔除术、主灶切开支管旷置术以及挂线术、双向等压引流术、瘘管填塞术，还有国外的VSD负压封闭引流术。可以根据病情的发展选择合适的治疗方式。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛瘘的手术很简单，手术时间短，可以选用以下几种麻醉。局麻容易阻滞不全，骶管麻醉，操作简单，效果一般不错，但是不能术后镇痛。腰麻，效果最确切。但是也不能术后镇痛。硬膜外麻醉，效果很好，还可以术后镇痛。
肛瘘可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，殃及周围脏器，最严重的是有恶变倾，影响身体，通常会出现身体虚弱，精神颓废，身体免疫力下降等症状，会出现贫血，身体消瘦。