肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘，主要是切开瘘管，并将瘘管壁全部切除，创面不缝合，如果创面比较大，可以部分缝合，使创面由底向外生长，直到愈合，所以高位复杂性肛瘘手术后，更要保持肛门部的清洁，及时换药，避免复发。
肛瘘手术有复发的可能性，至于肛瘘手术术后复发率的高低，和具体病情有关。肛瘘按照病情轻重程度，大致分为两类：高位复杂肛瘘。这类肛瘘往往病情比较重，术中并发症比较多，术后创面比较大，术后恢复比较慢，术后复发率也比较高。低位单纯肛瘘。这类肛瘘术中并发症少，术后创面小，术后并发症也少，术后恢复时间比较短，复发率比较低。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘是需要去肛肠科检查的。肛周脓肿流脓拖成肛瘘，肛瘘是肛管皮肤外口与齿线附近或直肠壁内口相通的瘘性管道，形成肛瘘前都有肛门肿痛病史。肛瘘流脓呈间歇性发作，流脓前肛门肿痛，流脓后肿痛缓解。为了预防感染，应经常清洗、勤换内裤。增强体质。